1952年3月 甘肃省农林厅园艺试验场天水分场，隶属甘肃省农林厅。

1955年3月 天水专区园艺场，隶属天水专员公署。

1956年4月 甘肃省天水园艺试验区站，隶属甘肃省农林厅。同年10月，建立下寨子园艺试验场 。

1968年8月 天水地区园艺站革委会，隶属天水地区农林服务站。

1972年10月 天水地区园林管理站，隶属天水地区农林服务站。

1974年11月 天水地区园艺试验站，隶属天水地区农林服务站。

1979年5月 天水地区果树研究所，隶属天水地区农林局，科级单位。

1980年7月 天水地区果树研究所，隶属天水地区农林局，县级单位。

1984年4月 天水地区果树所，隶属天水地区农牧局。

1985年7月 天水市果树所，隶属天水市农牧局。

1986年1月 天水市果树研究所，隶属天水市农牧局。同年4月变更为副县级单位。

1991年3月 天水市果树研究所，隶属天水市农业委员会。

1997年3月 天水市果树研究所，隶属天水市林业局，同年5月，升格为正县级单位。

2019年3月，天水市果树研究所，隶属天水市农业农村局。